1638 Brechen Pater Rodrigues und Pater Garupe in das von der westlichen Welt abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Ferreira seinem Glauben abgeschworen hat. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanische Machthaber.